人体肠道微生物群由多样化微生物组成，在维护肠上皮屏障完整性、调控免疫反应及抵抗病原菌入侵中发挥关键作用。4大主要细菌门中，Bacteroidia与Clostridia类细菌在健康肠道内占主导地位。rCDI患者则表现出明显菌群失调（dysbiosis）：菌种多样性大幅降低，Bacteroidia和Clostridia的丰度显著减弱，极易被致病C. difficile侵占并引发复发感染。抗生素治疗虽是主流，但经常导致菌群进一步破坏并疾易复发。为此，多种基于微生物组的疗法被提出，以恢复菌群结构和功能，帮助形成对C. difficile的拮抗环境。